欧阳轩用一句话概括了当下霹雳军的状态，即政治上蛰伏，军事上积极防御，经济上蓬勃发展。在将士们在前线与隔河对峙期间，霹雳军后方也没有闲着。彭州和嘉定府的第一期工矿业的建设已接近尾声，分别新开了数十家煤、铁、石灰石、硫、火硝、铅等矿。九峰山的铜矿产能已经恢复，符文镇附近的山中也开采出了第一批铜矿，只是产量不多。随着矿山的大规模开采，配套建设的硫酸厂、冶炼厂、铸造厂等一大批工厂也陆续投产了，最为重要的彭州和嘉定兵工厂也开始试生产了。
虽然工农业生产事务繁多，但欧阳轩并没有在政务方面投入太多精力，一方面是以李爽为首的政务团队十分敬业，并不需要他过多操心，另一方面也是因为有一大批试验在等着他。欧阳轩虽然对科研方向和路径进行了指引，但涉及具细节需要反复试验和求证，杨辉负责研究院后，他将来会省不少心，但眼下还不能放手。一则杨辉的视野和理念还需要提升，他和欧阳轩这种受过现代科学训练的人毕竟还是有差距，另一方面也是其所擅长面其实较窄，“术业有专攻”，他对数学和理工技术擅长，但对于化学、医学等方面的知识便欠缺了。化学是欧阳轩的强项，医学他也有涉及。当然在临床医学方面欧阳轩是个门外汉，他所知晓都是预防医学知识。
在霹雳军与蒙军对峙期间，欧阳轩除了处理军务，还要抽一部分时间指导科学院的化学试验，其余精力都投到了卫生防疫，以致于回家的时间都很少。当然回到家中也没有人，杨嫣虽然已怀孕五个月，但仍然拖着大肚子在处理南洋公司的事务。南洋公司总部已搬到成都后，虽然有冉忠在那边负责，但杨嫣仍需十天半月去一趟，以处理重要事务，她和欧阳轩仍然聚少离多。这情形看得小舅子杨邦宪常常叹气道说，研究院的化学试验室、医学院及参谋部的会议室才是姐夫的家，而河心岛上的家只是客馆而已。
眼下医学院已在欧阳轩的指导下，在实验室培育出了青霉素，但是离大规模生产仍有较长距离。一方面是缺乏工业化生产的条件，别说提纯技术不成熟，就连规模培养菌种的设备也无法达标，另一方面则是生产工艺流程和成本的问题，当下生产出来的价格甚至远远超黄金。欧阳轩明白技术的进步和迭代需要时间，更需要工业基础的完善，急也急不得。从古自今，对经济和社会破坏最大的是瘟疫，也就是欧阳轩所说的传染病。实际上，战争直接杀伤人口与随之而来的饥荒和瘟疫相比，只是九牛一毛。当下霹雳军已经解决了饥饿问题，下一步重点便是传染病的控制和预防了。
欧阳轩和唐顺将传染病防治的重点放在“天花、霍乱、鼠疫”这三种最烈的疫病之上。排在这三种疾病之前的便是疟疾，只不过被欧阳轩用黄花蒿提取的汁液治住了。这三种病专播性极强、死亡率高，常常给一个地区带来灭顶之灾。蒙古人西征带到欧洲“黑死病”，前后几次爆发使几千万人死亡，差点将欧洲文明摧毁，这黑死病便是鼠疫。天花也是如此，人人畏之如虎避之不及，印第安文明便毁于西班牙殖民者带去的天花、流感等疾病。霍乱虽然不如前两种瘟疫凶险，致死率也稍低，但爆发的频次密传播途径也多，其上吐下泻常污染水源。对付传染病最有效方法是预防而不是治疗，实际上这三种传染病并没有特效药。故在防治瘟疫研讨会上欧阳轩提出了三个防治途径：消灭传染源、切断传播途径、对症治疗。
霹雳军在攻打彭山城之时，城中便发生了霍乱。在欧阳轩的命令下，城中居民全被迁到了小山沟进行隔离并进行了对症治疗，又对城内城外进行了彻底的消毒，使得疫病控制在了一定范围，也大大降低了死亡率。在总结此次经验得失的基础上，唐顺便在李爽和鲁德之的大力支持下，大力推动环境整治和个人卫生的宣传，甚至还出台了卫生不达标要被罚做短期苦役的法令，形成了人人讲卫生的氛围。在霹雳军辖区内，蓬头垢面外出或者身上有跳蚤被视为极不体面之事。事实证明这种应对措施对霍乱颇有效果，在霹雳军辖区内虽偶有爆发，但很快便被扑灭。
除此之外，霹雳军还大量养猫。霹雳军粮仓为了防潮主体由木头，其余部分由水泥浆彻，算得上十分牢固，却仍经不过老鼠日复一日的啃咬，养猫能从鼠口中夺回宝贵的粮食。欧阳轩亲自下令养猫是因为老鼠是鼠疫杆菌的宿主，也是移动的专染源。蒙古人活动的草原地带是鼠疫病的高发区，南下的蒙古骑兵也将传染源带到了汉地。更可恶的是蒙军作战也常使用生物战，即将病死者的尸体用投石机抛入敌方的城军，以污染水源和粮食，从而达到不战而胜的目的。事实上，在绵水前线，杨文安部发生瘟疫后，蒙军也曾企图将病死的新附军尸体抛过来，却被霹雳军挫败了。
对付天花病毒，欧阳轩提出的牛痘接种法是最好的预防手段。由于牛痘病毒和天花病毒共有交叉反应抗原，所以可以诱发机体产生自动免疫以预防天花。这项技术是从感染天花的牛身上取出脓汁和痂皮，接种到健康人的身上使之获得免疫力。事实上霹雳军早在去年便研发出了这种技术，余柱带到流求的士兵和技术人员