此时在圆通殿外，三个人借着月光，看到无数从四面八方涌出的鼠群。杜妙德见状不妙，马上造出三架火焰喷射器，三个人一齐向鼠群喷火，只见率先扑上来的老鼠，瞬间被火焰喷射器喷出的火焰烧成黑炭。出于动物怕火的本能，鼠群向后退却不敢上前，和火焰保持一定距离。
“这些老鼠好像有智慧一样，虽然不敢上前，但也不逃跑，只是和我们保持距离困住我们。”金广愿说道。
“它们应该是被什么人控制着，所以看起来很有组织性和纪律性。”杜妙德说道。
这时只见老鼠们都躲进阴影处，俯下身子一动不动，像是迎接国王到来的士兵。三个人看到地上映出两个人影，回头一看，只见圆通殿屋顶上面站着两个人，一个是穿着中世纪欧洲服装的女人，一个是穿着东南亚服装的男人。女人先开口说话：“是我在操纵它们，我是女巫艾米西亚，十恶中的嗔恚。”
1384年英国人迎来了，断断续续折磨他们三百多年的一场浩劫——黑死病。这场浩劫迅速蔓延至整个欧洲，据估计当时黑死病夺走了大约三分之一欧洲人的性命，艾米西亚正是生活在这样一个黑暗绝望的时代。
艾米西亚的父亲是一位英国领主，拥有自己的封地，这使得艾米西亚小的时候生活非常富足。艾米西亚的母亲则是一位女炼金术士。所谓的炼金术士并没有传说中的那样神奇，既不能点石成金、也不会制作长生不老药。炼金术实际上是中世纪的化学哲学思想，是当代化学的雏形。通俗来讲，炼金术士是一群采集、研究各种矿石、草药，通过冶炼、提纯加工技术，来获取稀有金属（包括金）和各种药物的科学研究人员。
炼金术虽然是不成熟的科学，但在当时神权至高无上的历史条件下，它却成为了有可能威胁到教会权力和利益的存在。就像乔尔丹诺.布鲁诺为了扞卫哥白尼的太阳中心说，被宗教裁判所判为“异端”，烧死在罗马鲜花广场一样，炼金术被教会定义为与恶魔签订契约而得到的邪术，而炼金术士就成为了和恶魔签订契约的巫师，艾米西亚的母亲就是被教会污蔑成邪恶存在的一位女巫。
艾米西亚患有一种家族遗传血液疾病，发病的时候艾米西亚就会头晕、意识不清，并且变得易怒暴戾。十三年来，艾米西亚都是靠着母亲制作的药物来抑制疾病发作。这一天，教皇卫队来到了艾米西亚的家中，艾米西亚的父亲亲自出来迎接，可没想到卫队队长一句话也没说，直接将长剑刺进了艾米西亚父亲的身体里。正在楼上屋中的艾米西亚和母亲正好看到这一幕。
随后卫队士兵开始斩杀家中的佣人和随从，并且大声喊叫：“抓住女巫和那个生病的孩子，她们与恶魔签订了契约，其余的人统统杀光。”艾米西亚和母亲在佣人的帮助下，从后门逃出了教皇卫队的魔爪。在野外，她们看到数不清的老鼠洞，和被啃食殆尽的牲畜以及人类的遗骸。母女二人逃到自己领地管辖的城镇，发现这里每一户居民的家门上都被画上了大大的叉，二人偷偷来到城镇的广场，她们看到士兵正在屠杀手无寸铁的居民，并且焚烧他们的尸体。艾米西亚的母亲意识到，为了防止黑死病的传播，教会已经开始派军队残杀老鼠侵袭过的城镇百姓，于是她带着女儿逃向了荒野。
在荒野之上，她们看到了另一幕人间地狱。英法百年战争持续了一百一十六年，当时在战场上铺满了英军和法军的尸体，死尸已经遍布大地，多到已经看不到土地和杂草，映入眼帘的只有一望无际的尸海。因为老鼠畏光，所以在阳光明媚的白天不出来活动，但是到了晚上或者阴雨天，这些尸体就成了老鼠享用不尽的餐食，有了食物的保障，老鼠的繁衍也越来越快，不久已经变得无处不在。艾米西亚和母亲靠着火把躲避老鼠，跨过重重尸山血海，几经辗转，终于搭船跨过英吉利海峡逃到大陆，在一处偏僻的村庄躲了起来。
艾米利亚和母亲逃到大陆的一个偏僻村庄安顿下来。在这里没有人认识她们，而且这里偏僻荒凉，还没有被鼠疫侵袭。母亲配制药剂为村人治病，艾米西亚用父亲教给自己的技术用投石器打猎，同时也跟随母亲学习炼金术。就这样母女二人平静地生活了三年。三年之后，鼠疫终于蔓延到这个偏僻的小村庄，母亲努力制作药剂缓解黑死病给病人带来的痛苦，可是收效甚微，大批的村民死去，整个欧洲大陆被笼罩在黑死病的阴影当中。
此时教会担心，黑死病的肆虐和连年战争会动摇信徒们对上帝的信仰，由此导致神权弱化。于是他们编造谎言，将黑死病的原因归结于女巫。教会宣称女巫和恶魔缔结契约使用巫术残害生灵，这种行为触怒了上帝，所以上帝才会让鼠疫发生用以惩罚人类，只有杀光女巫，人类才能获得救赎。在罗马教皇英纳森八世的一声令下，整个欧洲大陆掀起了猎杀巫女的热潮。在对上帝的信仰以及对黑死病的恐惧的双重作用下，没有任何科学意识的民众，毅然决然地选择了相信教会的决定。而当时对于一个女人是否是女巫的判定上，只有一个必要条件：有人告发你是女巫，那么你就是女巫。一经发现，人民有自主处