时间回到大战之后的三天后，木叶三忍大蛇丸，宇智波天才宇智波鼬屠杀宇智波一族叛逃的消息已经传遍忍界。
而得知木叶失去了大蛇丸与宇智波一族后，各个大国纷纷蠢蠢欲动，火之国边界时常出现摩擦，各国都在试探木叶的实力。
但是也就是这一天，关于那晚发生的事，木叶官方终于传出一个官方版本：
木叶火影辅佐团藏协同大蛇丸因不满三代火影，准备发动政变，推翻三代火影，而就在发动政变当晚，木叶英雄，木叶直属暗部火影护卫队队长，木叶梦魇，宇智波美琴以一己之力粉碎了团藏的阴谋。
打败并抓捕了团藏，作为团藏忠实的属下宇智波鼬为了报复，屠杀了宇智波一族，协同大蛇丸叛逃了。而我们的英雄宇智波美琴正在追捕叛忍大蛇丸，宇智波鼬。
而那晚美琴VS团藏与根部精英的影像，当晚亥一就用家传秘术通过暗部寅虎的视角制作出来，然后不小心的让各国间谍拿到。
在得到影像之后蠢蠢欲动的各国边境忍者都退回了自己的忍村。自此木叶的边境危机终于解除。
自忍界修罗宇智波斑之后，宇智波一族再次出现一个响彻忍界的宇智波族人，后世人称忍界梦魇宇智波美琴。
但由于宇智波一族灭族，以及根部的损失惨重，导致木叶暗部要分出更多的忍者来维持治安，而各种任务也严重人手不足。
三代火影决定将根部剩余的忍者，全部吸收进暗部，维持村子的治安，而优秀的暗部忍者，例如卡卡西等全赶出去做任务。
而作为我们的罪魁祸首美琴，在回到木叶之后，忙到怀疑人生，源源不断的任务接踵而来，特别是她成为木叶英雄之后。
无论是大名，富商，明星各个都指名任务要美琴接，导致美琴连吃饭睡觉，都没时间，更不要说出去木叶浪去。
而小鸣人也在抱怨大姐头根本没时间指导他修炼。
终于在持续半年繁忙的任务，美琴终于能休息一会了。
随着猿飞阿斯玛（三代火影的小儿子）的回归，加上夕日红，凯，卡卡西等一众上忍的成长，都能独挡一面的时候，木叶人手不足的情况终于得到了缓解。
而美琴也终于能有时间处理自己的事情，并完成自己的计划。
在半年后的某一天，在陪玩鸣人修炼之后，回到家，就碰见了猿飞阿斯玛。
美琴与阿斯玛自小就不对付，因为什么呢？我相信每一个熊孩子都有一个宿敌，那就是别人家的孩子。
没错，美琴就是别人家的孩子。
作为三代火影的孩子，别人都会把阿斯玛与三代火影比较，这导致了阿斯玛活在了三代火影的阴影下，因为你无论多么优秀你都比不过自己父亲。
比如说，你优秀是应该的，因为你是火影的儿子。如果你不够优秀，别人就会说你不配是火影的儿子。
所以阿斯玛自小就叛逆，上学就被别人指指点点，回到家还要听三代火影说：看看美琴再看看你，能不能学一下人家美琴。
从小阿斯玛就极度讨厌美琴，所以忍不住想欺负她，但又打不过，每次被打的嗷嗷叫，但没过几天又好了伤疤忘了疼，如此循环。
以至于后来为了躲美琴都逃去当火之国大名的护卫队去了。
但由于木叶缺人，加上守护忍是有任期的，所以阿斯玛不情不愿的回来了。
“哼！”然后就不理美琴了，回房间去了。
“？？？”因为美琴没原号的记忆，根本不知道自小就打阿斯玛，所以觉得有点莫名奇妙，我招你惹你了？
好不容易，等到三代回来，美琴准备请几个月的假期，去寻找传说中三忍之一，初代火影千手柱间的孙女纲手，木叶最好的医疗忍者，拜托她帮她移植止水眼睛。
虽然火影后期都是秒挖秒装的，但美琴不敢赌，为了稳妥起见，还是想咨询火影最好的医生。但为了成功请假，还是要透露点东西给三代爷爷的。
“三代爷爷，我有点事想跟您说下。”在家里都是喊三代爷爷的。
三代火影看着美琴好像有心事似的，于是就带美琴去书房问到：“小美琴，有什么事就说吧，不要拘谨。”
“三代爷爷，我想向您请几个月的假期，我准备去寻找您的徒弟纲手大人，寻求帮助，请您批我假期。”
在听到美琴要找纲手，三代以为美琴得了什么大病，吓了一跳，关心道：“美琴酱，你是哪里不舒服吗？为什么不早点告诉爷爷，难道严重到木叶医院都没办法，只能找纲手吗？”
“不是的爷爷，不要担心，我没有病，只是这关于宇智波的秘密，三代爷爷能帮我保密吗？”
三代听完，郑重的点了点头，答应帮美琴保密。于是美琴把关于写轮眼的事情说了出来。
在听到只是移植止水的眼睛，并且没什么危险之后，三代火影松了口气，开心道：