打赢了彩虹道馆，小智等人没有立即离开，毕竟彩虹市太大了，大家都想好好逛逛。
一行人帮助君莎小姐找回了因为素利拍的催眠术而失踪的小孩，小霞还意外的收服了可达鸭，可惜还是呆呆的什么都不会，小霞还抱怨了好久，然后，小刚还在神奇宝贝美容街见到了他梦寐以求的名人饲育家小雪，获得了她的认可，并将自己的六尾暂时托付给小刚，一行人又在彩虹市呆了一天。
第二天的早上，正当小霞他们准备离开的时候，小智以跟小茂约好为由，将小霞两人丢在神奇宝贝中心就跑了出去。
按照小智自己的思路，小茂追着卡拉卡拉一路来到彩虹市，本应在神奇宝贝中心汇合的他却不知所踪，小智断定小茂一定是出事了，所以决定亲自去一探究竟。小智一路走到了彩虹市游戏厅的门口，没有丝毫犹豫，小智径直走进了游戏厅。
果然是大城市的游戏厅，各式各样的游戏机整齐的摆放在游戏厅内，只是由于来玩的人并不多，显得游戏厅里特别的空旷，只能听到游戏机传来的各种音乐声。
小智装作若无其事的样子，走到了柜台前，“老板，游戏币怎么换啊？”
“想要换游戏币啊，你的代币盒呢？没有代币盒可是没办法换取游戏币的哦。”柜台上的老板瞥了小智一眼，随口说道。
“看来还是和游戏里一样，算了，反正我也不是来玩游戏的。”小智心想。
“原来还要代币盒啊！看来我们玩不成游戏了皮卡丘。”小智装模作样的抱怨了几句，肩上的皮卡丘也配合着做起了无奈的表情，小智无奈转身离开了，只不过走的时候右手不经意间丢了个东西在柜台旁。
在小智离开的时候，下意识的瞥了一眼柜台的右后方，果然有个人在巡视着什么，而他的身后正是一张写有大大的R字海报。
“果然，还是火箭队，这帮人真不知道低调点，这么大的海报谁看不见，不过彩虹市的地下基地还是出现了。”事情并未出乎小智的意料之外。
小智装作闲逛的样子，不断的在各个游戏机之前走来走去，等待出手的时机。终于，快到中午的时候，游戏厅里的玩家都走光了，只剩下柜台的老板和那个巡逻的人。
“喂，两位，别装了，我知道你们是火箭队！”既然没人了，小智便开门见山的说道。
“什么？臭小鬼，居然知道我们的身份，那就别怪我们心狠手辣了！”两人被识破身份很是惊讶，随即准备出手教训小智。
“现在才出手，晚了，妙蛙草，使出睡眠粉！”小智早有防备，提前布置了战术，妙蛙草躲在柜台旁边一击命中，那两个火箭队队员还未出手就被睡眠粉命中，昏昏睡去。
“干得好妙娃草！回来吧！”小智收回了妙娃草，径直走向了那张海报。
“希望我的记忆没有出错吧！”小智伸手撕下了海报品，果然没有错，海报后面有一个红色的机关按钮，小智没有犹豫，按下了机关。
轰隆隆！一阵响动之后，柜台另一面的角落出现了一个入口，是一个下楼的楼梯。
“走吧！皮卡丘，看来有场硬仗等着我们呢！”随后，小智和皮卡丘进入了那个黑漆漆的入口。
通过楼梯，小智来到了游戏厅的负一层，不过事情却并不像小智想象的那样，负一层的办公区域一片狼藉，好像经历了不小的争斗。
“奇怪了，难道说有人先我一步来了？”小智看着眼前的景象很是疑惑。
一路来到B3层，所到之处都是混乱的景象，楼层里还有好多昏迷中的火箭队员，小智愈发的确信有人先行来过这儿，究竟是谁呢？
穿过楼梯，小智来到了最后一层，在楼梯的拐角处，小智看到了一个熟悉的身影，一个留着刺猬头的少年正在拐角处蹲伏着。
“小茂，果然是你！”小智缓缓靠近，轻声说道。
“吓死我了！我还以为是火箭队的人追来了！原来是小智啊！”小智的出现让小茂大吃一惊，随即小声说道。
“我在彩虹市神奇宝贝中心查过你的入住记录，发现你根本没去过，这两天一直在找你的下落，刚好逛到游戏厅，感觉这里有点古怪，就跟了过来。”小智解释道，还是小小的撒了个谎，小茂精神比较紧张，也就没太在意小智的话。
“好了，你来了我也能轻松点，我从紫苑镇一路追到这，发现这里是一个叫做火箭队的邪恶组织的基地，卡拉卡拉也是被三个火箭队的成员带过来的，所以我就一路杀了进来，可是他们人太多，我也有点应付不过来了。”小茂有些疲惫的说道。
“对了，刚才在负二层，我从一个火箭队员口中得知，他们的老大在负四层另一面，只有找到电梯钥匙才能过去，我找遍了所有楼层，就只剩下这里了。”小茂补充道。
“嗯，接下来就并肩作战吧！对战就交给我，你的神奇宝贝都太累了。刚好我的耿鬼可以派上用场，不会造成太大的骚动。”小智说着，