后者被以贻误战机等多项罪名关进了监狱等待战后审判，这还是约瑟夫·洛伊争取后的结果。
因为之前的战争中杜福尔处决的逃兵太多，其中自然不乏一些有背景的人，他们自然不会放过这个落井下石的机会。
这里的逃兵中包括畏敌不前的军官。
然而约瑟夫·洛伊却清楚杜福尔是无辜的，而且后者本身并不想参与这场战争，是前者请后者出山的。
所以约瑟夫·洛伊尽全力保住了杜福尔，不过死罪可免活罪难逃，一个终身监禁或者是流放是少不了了。
另一方面弗里堡和楚格两个投降的州已经撑不下去了，教会和正统派的财产已经刮得差不多了，平民更是已经压榨到了极限。
约瑟夫·洛伊知道必须是开源的时候了，于是乎他将矛头指向了阿尔高州和圣加仑州。
这两个州虽然选择在开战之前站在了自由联盟一方，但是他们并不属于自由州，而且有很多油水可刮。
阿尔高州和圣加伦州极力反对，因为圣加仑州的高层就是教会势力，但是反对无效，圣加伦和阿尔高被自由化了，他们不得不与楚格州和弗里堡州承担沉重的战争负担。
不过有压迫便有反抗，尤其是莫名其妙成了叛徒的楚格州人民，他们不但要承担巨额的战争费用，为战争提供物资和劳动力，就连自己的家园也成为了自由州和正统州交战的战场。
楚格州民众自发组织游击队，开始反抗自由联盟的统治，对那些将他们变成薪柴的高层进行了清洗。
弗里堡州同样不堪重负，他们的年轻人几乎都被征光了，值钱的东西和粮食也都被抢走了，城镇的居民开始逃向大山深处，成功开启了逆城市化进程。
阿尔高州的处境是最惨的，因为弗雷·荷洛赛根本就没把他们当人看。弗雷·荷洛赛打不过游击队，但是他不会承认。
于是乎阿尔高州的天主教徒就成了最好的替罪羊，再加上约瑟夫·洛伊的授意，他们被反复洗劫。
至于外国雇佣军更是不可能拯救敌对势力的民众，绝望的阿尔高民众想要反抗却没有武器，高层的集体叛变更让他们缺乏领导。
起义只能迎来更加凶狠的报复，想要活下去只能给弗雷·荷洛赛当兵，或者去山里找游击队，但双方都不拿他们当自己人，这些人中大多数还是逃脱不了炮灰的命运。
自由州新任的联邦总司令奥菲·兰诺一上任便决定对卢塞恩州发动总攻，战争进行的过程依旧是波澜不惊，没有悬念，没有波折，更没什么战术可言，双方比拼的是勇气和耐力。
而内战的双方显然都缺乏勇气和耐力，战斗总是打打停停，场面上甚至有些滑稽。
不过守城一方毕竟是居高临下占据着地利的优势，所以吃亏的总是攻城一方。
双方将领的水平更是存在着决定性的差距，比起只知道用人海战术冲锋的奥菲·兰诺，卡尔大公的策略显然更加合理。
猛攻了十几天之后，奥菲·兰诺终于发现自由州的士兵并不适合打攻坚战，他们的士气太低，往往在损失了一小部分人之后就会落荒而逃，而想把他们重新收拢在一起需要很长的时间。
于是乎奥菲·兰诺选择了和杜福尔相同的战法，自由州的士兵再次挖起了战壕。
随着时间的推移，整个瑞士的局势正在不断恶化。奥菲·兰诺同样被关进了监狱，约瑟夫·洛伊不得不向弗雷·荷洛赛妥协。
后者虽然获得了自己梦寐以求的权力和地位，但是他却一点都高兴不起来，因为战争让各州的筋疲力尽，各州都不愿意再出钱出人，而叛变到自由联盟一方的阿尔高、圣加伦、弗里堡、楚格已经是民乱四起。
此时弗雷·荷洛赛才发现快速结束战争的重要性，不过为了不重蹈覆辙，他决定进攻相对薄弱的施维茨州，结果只是得到了一场更加惨痛的失败。
或者说还没开始就已经失败了，因为当自由州军队撤走之后，正统联盟的军队迅速四面出击，沃州、伯尔尼、索洛图恩、巴塞尔、阿尔高，整个瑞士西部都被战火所吞噬。
几个月的战争足够将农民变成屠夫，在死亡阴云笼罩下几个月的正统联盟士兵此时是个什么状态可想而知。
老家被偷，瑞士军中的派系爆发了激烈的冲突，冲突规模之大，烈度之高，远超自由州和正统联盟之间的冲突。
弗雷·荷洛赛不过是个大点的军阀而已，他无力弥合各个派系之间的矛盾，同时他的老巢也遭到了攻击，让其他派系去“保卫”自己的老巢？
弗雷·荷洛赛做不出来，他不信任那些家伙，同样那些家伙也互不信任。于是乎支持整个联盟的基础就垮了，几十万大军一哄而散成了各自为战的军阀。
这些军阀在卡尔大公