民政与司法事务分别被划归山东布政司下属的辽海东宁分守道，以及山东按察司下属的辽海东宁分巡道管辖，从而形成了“辽东隶于山东”这一特殊的行政区地理现象。
这样的行政地理划分，在中国历史上也是唯一的一次。
辽东全境的民政事务全部纳入山东管辖之下，海运通行之时商贾骈集，贸易货殖络绎于金、复间，辽东所以称乐土也。
不过在此之后，很快辽东海运就被废弃，虽大多被认为和正德年间刘瑾用事时，海船损坏不修，料价干没，山东本色悉改折色，由山海陆运入辽，海运复废有关。
但其实，根本原因还是两地之间利益争斗的博弈。
初期，山东输往辽东的物资主要是粮食和布匹、棉花等，可在辽东沃土开垦后，粮食能勉强自给，辽山多，苦无布的弊端显现，需要外来支援。
山东登莱地区宜木绵、少五谷，自此山东和辽东贸易往来逐渐变成布匹和棉花。
此时的登辽海运已经不再是战争状态下的国家强制行动，而是和平时期按部就班的固定程序。
随着时间的推移，海运事务中产生诸多细节矛盾，辽东与山东之间的地域利益冲突也逐渐显露出来。
虽然辽东的民政和司法事务在名义上归山东管辖，但主管辽东事务的辽东都司却独立于山东管辖之外，这使得两地的地位相对平等，因此在发生利益冲突时也更加互不相让。