王琦被任命为副总负责人后，便立刻投入了工作。他首先整顿了工匠队伍，选拔了一批技艺高超、忠诚可靠的工匠作为骨干。同时，他还设立了严格的监督机制，确保每一笔资金都用在刀刃上。
然而，整治大运河的工作并非一帆风顺。那些贪官污吏们见王琦动了真格，开始暗中阻挠。他们勾结一些不法商人，企图通过贿赂来收买王琦。但王琦性格刚正，坚决拒绝了他们的诱惑。
这天，王琦正在工地上忙碌着，突然接到一封密信。信中写道：“今夜子时，有人在城南破庙等你，有要事相商。”王琦心中一动，知道这可能是那些贪官污吏的诡计。他决定亲自去会一会这个神秘人物。
子时，王琦悄然来到城南破庙。只见一个黑影在庙门口徘徊，一见王琦，便迎了上来。那人压低声音道：“王大人，我家大人有请，有笔大生意想与您谈谈。”
王琦冷笑一声：“什么大生意？莫不是想让我同流合污，一起贪污公款吧？”
那人脸色一变，但随即又恢复了平静：“王大人说笑了，我家大人只是想与您交个朋友而已。”
王琦不再废话，一把揪住那人的衣领，厉声道：“我王琦虽然出身贫寒，但也知道什么是正义，什么是邪恶！你们这些贪官污吏，休想拉拢我！”
就在这时，破庙内突然冲出一群黑衣人，手持刀剑，向王琦扑来。王琦虽然勇猛，但双拳难敌四手，很快便陷入了苦战。
就在这时，一阵马蹄声由远及近，原来是朱寿得知王琦可能有危险，亲自带兵前来救援。朱寿率领侍卫们奋勇杀敌，很快便将黑衣人击退。
王琦见朱寿亲自前来救援，心中感激不已。他跪倒在地，哽咽道：“陛下，臣险些丧命于此，幸得陛下相救！”
朱寿扶起王琦，拍了拍他身上的尘土，沉声道：“王琦，你是朕的忠臣，朕岂能让你白白牺牲？这些贪官污吏，朕定要一一严惩！”
王琦眼中闪烁着坚定的光芒：“陛下，臣愿与陛下并肩作战，直至大运河的问题得到彻底解决！”
朱寿点了点头，目光如炬：“好，朕就与你一同整治这大运河的乱象！朕要让百姓们看到，朕的朝廷是有能力、有决心解决这些问题的！”
接下来的日子里，王琦与朱寿携手合作，整治大运河的工作取得了显著的成效。那些贪官污吏被一一查办，工匠们的工钱得到了保障，工程进度也得到了明显的提升。
王琦还亲自设计了一套新的水利系统，使得大运河的运输能力得到了极大的提升。原本淤塞的河道变得畅通无阻，船只往来如梭，大运河再次焕发出了勃勃生机。
朱寿看着这一切，心中不禁涌起一股豪情。他知道，这一切都离不开王琦的辛勤付出和聪明才智。他决定，等大运河的问题彻底解决后，一定要重重赏赐王琦。
然而，就在大运河即将竣工之际，一场突如其来的洪水打破了这份宁静。洪水汹涌而来，势不可挡，大运河的堤坝在洪水的冲击下岌岌可危。
王琦闻讯后，立即赶到现场指挥抗洪救灾。他亲自率领工匠们加固堤坝，疏导洪水。在王琦的带领下，大家齐心协力，终于将洪水成功挡在了堤坝之外。
然而，在这场抗洪救灾中，王琦却不幸身受重伤。他躺在病榻上，脸色苍白，但眼中却依然闪烁着坚定的光芒。
朱寿得知消息后，立即赶到医院看望王琦。他坐在王琦的床前，紧握着王琦的手，眼中满是关切和敬意。
就在王琦重伤之际，一位神秘的医者走进了病房。他身穿青色长袍，头戴斗笠，遮住了大半张脸，只露出一双深邃的眼睛。医者自称姓华，听闻王琦英勇抗洪的事迹后，特来相助。
华医者医术高超，他仔细查看了王琦的伤势后，从随身携带的药箱中取出几味珍稀药材，开始为王琦熬制药汤。朱寿见状，心中不禁对这位华医者充满了敬意和感激。
经过华医者的精心治疗，王琦的伤势逐渐好转。他躺在病榻上，虽然身体还不能动弹，但精神却越发振作。他告诉朱寿，自己有一个计划，可以彻底解决大运河的问题，但需要朱寿的支持和配合。
朱寿听后，眼中闪过一丝光芒。他知道，王琦的聪明才智和坚定意志，是整治大运河乱象的关键。他当即表示，无论王琦需要什么，他都会全力支持。
于是，在王琦的指挥下，朱寿调动了大批工匠和士兵，开始对大运河进行全面整治。他们首先清理了河道中的淤泥和垃圾，使得水流变得畅通无阻。接着，他们又加固了堤坝，防止洪水再次冲毁堤岸。
同时，王琦还设计了一套新的水利系统，利用水流的自然力量来推动船只前行。这一创新不仅大大提高了运输效率，还节省了大量的人力物力。
在整治大运河的过程中，王琦还积极与当地的百姓沟通交流，了解他们的需求和意见。他深知，只有让百姓们真正受益，才能让他们真心支持朝廷的工作。