蔚蓝的天空，广阔而又平静的海面。小智等人因为没有赶上上一班船而坐在小码头处，感叹着天之蓝，海之广，他们没有赶上通信船。离下一班船的到来还有三个小时，不知道该干什么的小智一行人，选择了在码头等待。
小智躺在地上歇息，因为是夏天，小茂也懒得去管小智。小霞和小刚看着蔚蓝的海面，一副舒服的表情。小茂却没有欣赏景色，而是看着远处，海上施工的地方。如此建筑，真的不会引发大海中，神奇宝贝们的不满么？上头为何会同意呢？
就在小茂疑惑为何上层会同意在海上如此建造设施时，和伊布靠在一起看海的皮卡丘突然叫了起来，并指着海面。
小霞和小茂顺着皮卡丘所指的方向看了过去，发现是一只水系神奇宝贝。而立志要成为水系神奇宝贝大师的小霞则是很快的叫出了那只小精灵的名字，墨海马1。
而听到有小精灵出现的小智，立马从地上爬了起来，询问小精灵在那里。当看到露出海面半个身子的墨海马时，小智立马拿出了图鉴。
小茂在看清墨海马的样子后，略皱了下眉。而小刚则是开口道“那只墨海马似乎受伤了。”
小霞担忧的说道“可是这里没有神器宝贝中心啊。”说完，小霞拿出精灵球，打算收服墨海马。这样可以让墨海马的伤势不会加重。
但墨海马却侧过身，对着平静的海面喷出黑色的墨水，墨水在海面上形成了两个图案。墨海马看向他们并“嗒叩，嗒叩”的说着什么。
小智挺在意墨海马说了什么，而小霞和小刚则是更担心墨海马的伤势。小茂看着墨海马的画，陷入深思。墨海马的话语有些急切，似乎是在通知他们什么。而且，那幅画中，有一个图案很像是玛瑙水母2……
就在这时，四周的地面突然晃动了起来，远处还想起了‘嘭’的爆炸声。小茂他们顺着声源看过去，发现刚才的爆炸声源于海上的一艘船。
就在小智还在问出什么事时，小霞一边说“现在还不是问这个的时候”一边释放出自己的水系神奇宝贝，让其去救人，然后对小茂他们道“还愣着做什么，快去找小艇啊。”
小智这才反应过来，应该先救人。小茂三人快速去找停放在码头处的小艇，因为怕耽误时间，便分散开来。到最后，找到小艇的小智将小茂他们接了上来，并开着小艇去救那些落水者。
当将落水者救上小艇时，落水者一直说自己的身体很麻。小茂仔细检查了一下他们的状况后，不解的开口道“这是被水母蜇伤的吧？”
小霞他们都意外的看着小茂，而小茂只是看着那个受伤的落水者。落水者让他们去找他的社长。
小茂坐在一旁，样子有些严肃。而小刚见此，便开口问道“小茂，你是不是猜到了什么？”
“墨海马之前应该是提醒我们，这艘船会被玛瑙水母袭击。而袭击的原因，我想是因为那个正在施工的海上建筑。”小茂开口，语气平静的说道。
“为什么啊？”小霞有些不理解，小智则是忙着用图鉴查玛瑙水母的信息。而小刚则是看着小茂，等待小茂的回答。
“海洋是我们人类无法涉及的区域，是完完全全属于水系神奇宝贝的领域。那座建筑，侵占了水系神奇宝贝的家园。玛瑙水母应该是打算，反击人类了……”小茂语气沉重的说着。
“我们必须阻止它们。”小霞立马说道，如果真的反击，玛瑙水母的声誉一定会变得很差。那么人类和玛瑙水母就无法共生下去，她无法看到那样的景象。
“只希望还来得及……”小茂看着平静的海面，为了利益而无视了小精灵生存环境的人，真的能听得进去他们的话吗？
当小智他们安排好在码头等着他们的墨海马，便带着伤员来到他所谓的社长所在的地方时，看到的就是一个打扮时髦的，在蓝普鲁奇遇见过的金婆婆！
金婆婆对他们说感谢的话语，但小茂一脸的淡漠，而小智却是一脸震惊的询问，他们不是刚刚在蓝普鲁奇见过面的吗？
金婆婆听到小智的话后，反而咆哮的喊道‘不要将我那个性情古怪的表姐扯在一起，婆婆。’同时还说，她要建造出超越蓝普鲁奇的观光度假区。
“这么说，海上的那个也是喽？”小霞开口问道。而金婆婆则是自豪的说，那是她最大的招牌建筑。并说出了一个小茂很在意的关键词，珊瑚礁。
小茂听到后便明白过来，玛瑙水母们攻击的原因。此时，金婆婆正在抱怨着玛瑙水母们的不对，而在听到小茂之前所说的事实后，小智等人对金婆婆所说的一点好感也没有。并且在金婆婆邀请他们帮忙赶跑水母时，坚定的拒绝了。
与金婆婆不对盘的小智等人离开了金婆婆所在的产业。伊布和草腾蛇看向一直沉默的小茂，小霞、小刚还有小智则是在讨论玛瑙水母的事。
小茂拿出背包，拿出随身携带的电脑，打开直接联系了他的爷爷，大木幸成博士。当大木幸成接起电话，看到是小茂