海匪虽然在台中外海战斗中吃了大亏，但凭借数量优势，仍逼退了流求海军战舰。随即他们便将台中堡垒的周边海域包围起来，试图压制堡垒的守军火力并控制码头。他们的目标是夺下台中堡，与陆路而来的海匪会师，彻底控制这片区域。
攻打台中海匪的战船种类颇多，其中有不少装备了投石机和弩炮的战船。投石机猛烈发射之下，密集的石头夹着劲风砸中堡墙，让堡垒表面坑坑洼洼。碎石四处纷飞，不少守军因此受伤，余者四处躲藏。这种攻击声势颇为浩大，但效果也仅此而已，堡垒只是受了些许皮毛伤害而已。
从实际效果来看，弩炮的作用要超过投石机。儿臂粗的弩箭破空尖啸，其力甚劲，遇之者非死即伤。几轮下来，倒造成了数十名守军死伤。还有不少弩箭射入堡中房屋之中，附着其上的火把引燃了堡垒中的干燥之物，让守军好一阵忙乱，才将各个起火点扑灭。
海匪的火炮战船混杂在弩炮战船之中，朝堡垒猛烈开火。火炮的威力比投石机和弩炮威力强许多，一通炮弹下去，堡墙不少地方被砸出裂口。只是棱堡本身就是为火器时代的产物，其作用就是为了对抗火炮攻击。台中堡修筑时间早，直接采用了横原堡的设计，比采用了改良技术的台南堡防御力要差一些。但即便如此，台中堡的抗弹能力也远超一般的城池，故几轮炮弹下来，其并未受到致命伤害，依然昂然屹立。
敌人猛烈开火，守军自然也不会闲着，也用炮火猛烈还击。台中堡只有二十余亩，比台南堡还了不少，故只有五百正规军。虽然为小堡垒，但其火炮数量却不少，光是重型要塞炮就是二十余门，另有中型和轻型火炮数十门。这些火炮大部分部署在临海的墙上。
半个时辰的对轰下来，堡垒守军死伤了几十人，损失了一门重炮和两门轻型炮。相对守军，海匪的损失可谓十分惨重，被击沉的战船有六艘，另有十余艘正在熊熊燃烧，还有数十艘受伤正怆惶后退。海匪的人员损失更为严重，直接死在炮击之下的便有数十人，另有数百人正泡中水中。在这风高浪急的海中，能活下来的不会超过五成。
海匪的投石机和弩炮战船受损十分严重。因为射程短，装备投石机的战船只能抵近堡垒，这让其遭到了优先集火打击。弩炮战船是因为其发射的火箭引燃堡中房舍，让守军极为恼火，加之又护卫在火炮战船的前方，自然也招来了密集的炮弹。相对而言，海匪的火炮战船虽然是重点打击目标，但其躲在后方，反而只损失了一艘。
海匪战船损失之所以如此之大，除了因为台中堡火炮密度大外，也因为使用了新型的弹药——然烧弹，对船帆和木质的船体效果极佳。这种弹药是将炮弹铸成中空，中间填充爆炸药和火油的残渣，也就是欧阳轩所说的沥青。流求虽然孤悬海外，但信息和战略物资来源比巴蜀获取方便的多，获取沥青也并不困难。
台中及附近区域已开耕出一百余万亩水稻、甘蔗田，此外还有数十个工矿企业，总人口二十余万。加上从台南撤来的百姓，此片区域已聚集了三十万余万百姓，已是流求岛总人口的一半眼下。如此之多的资源，在海匪及其背后势力眼中俨然是块肥肉。他们狠狠地咬下去，谁料到第一口便崩掉了不少牙齿，崩得满嘴鲜血。
眼见事不可为，海匪战船便在台中堡的火炮射程之外，将港口远远包围起来。他们虽然在海上称王称霸，却也知道如果上岸陆战，肯定会被揍得生活不能自理。最好的办法还是等待陆上部队平推过来，再合击台中堡。眼下唯能做的便是对付流求海军的骚扰，彻底切断守军与海上的联系。
话说流求海军利用火炮射程优势，采用类似蒙古人的帕提亚战术，即“敌进我退，敌退我进”，频繁袭击外围警戒的敌人战船，搞得的海匪人心惶惶。海匪先是派来了火炮战船对射。只不过，海匪的战船火炮射程只有两里，而流求战舰的火炮射程达三里，命中率也高得多。几次下来，海匪又被击沉一艘火炮战船，另有二艘受损失去战斗力。
火炮战船十分昂贵，即便海匪背后的势力财力雄厚，也承受不住连续的损毁。他们不再派火炮战船，而是改派了轻快的斗船和火战船。对于这些速度极快的船只，流求战舰并不恋战，远远便避开了。对于穷追不舍的，则边撤边用火炮轰击。少数逼近的，则用手雷和手枪对付。
留守流求的战舰只有十一艘，除了要留下二艘守卫台北周边之外，能出动的只有九艘战舰。这九艘战舰时分时合，除了骚扰包围台中的海匪战船之外，也偷袭海匪的后勤船只。最大胆的一次，甚至出现在澎湖附近的海域，让海匪一片慌乱。
战舰十分昂贵，经验丰富的水兵更是宝贵，故余柱对这种海上袭扰的作战要求是保全自身第一，在稳妥的情况下才伺机攻击敌人。凭着火炮优势和正确战术，流求海军的每次出击都有些许战果。一个月下来，这种海击游击战术让海匪至少损失了三十艘战舰。
骚扰战术让海匪十分恼怒。一次海匪追得急了，几十艘战船尾随三艘流求战舰穷追不舍，一直到了台北除近